基因檢測(cè)在臨床應(yīng)用中的困境與出路

盡管基因信息在疾病的發(fā)生、演變、及治療中的作用各不相同，但是由于基因?qū)θ梭w的控制作用，基因信息在疾病、診斷與治療中應(yīng)用的正確度、可信度將直接影響醫(yī)學(xué)從業(yè)人員的水平。

基因信息在疾病診斷的應(yīng)用以三種產(chǎn)品形式出現(xiàn)：基因測(cè)序、基因檢測(cè)和基因解碼。

基因測(cè)序從本質(zhì)上只是一種獲取基因序列的技術(shù)，其產(chǎn)品與表現(xiàn)形式為PCR檢測(cè)、一代測(cè)序、二代測(cè)序、芯片檢測(cè)，產(chǎn)生的結(jié)果為基因分型結(jié)果。項(xiàng)目名稱常常為全基因測(cè)序、全外顯子檢測(cè)、芯片檢測(cè)、醫(yī)學(xué)全外顯子檢測(cè)。但是由于基因序列本身并沒有診斷和臨床應(yīng)用價(jià)值，以基因測(cè)序?yàn)楸举|(zhì)內(nèi)容的檢測(cè)常常忽略了測(cè)序范圍選擇的合理性與全面性、分型結(jié)果與臨床意義的匹配程度?；驕y(cè)序常常用來進(jìn)行科研服務(wù)。

目前臨床上常常采用基因檢測(cè)?；驒z測(cè)的特點(diǎn)是根據(jù)臨床的需要或者是醫(yī)生的假設(shè)對(duì)患者的特定序列、特定位點(diǎn)的存在情況進(jìn)行檢測(cè)，并將檢測(cè)結(jié)果與假設(shè)情形進(jìn)行驗(yàn)證，從而幫助臨床診斷與治療。但是基因檢測(cè)在邏輯上、設(shè)計(jì)上及疾病發(fā)生的客觀實(shí)際上都存在著嚴(yán)重的缺陷。

首先，位點(diǎn)的選擇不合乎臨床實(shí)際：

我們之所以選擇檢測(cè)某個(gè)位點(diǎn)，是因?yàn)樵谶^去的臨床研究、科學(xué)實(shí)驗(yàn)研究中，發(fā)現(xiàn)某一個(gè)位點(diǎn)在某個(gè)病人身上出現(xiàn)，于是我們?nèi)z測(cè)我們面前的這個(gè)患者是否具有同樣的突變。首先即使是患同樣疾病的不同患者，進(jìn)入臨床研究的數(shù)量是極為有限的。其次，并不是每一個(gè)測(cè)過基因序列、找到過位點(diǎn)的都會(huì)進(jìn)入數(shù)據(jù)庫，其三，也是更為重要的一點(diǎn)是我們的病人是一個(gè)獨(dú)特的個(gè)體，他的基因序列是沿著血緣關(guān)系傳遞下來的，有超過95%的可能是導(dǎo)致這個(gè)患者產(chǎn)生疾病的基因突變沒有被研究過、沒有進(jìn)入數(shù)據(jù)庫。因此，用已經(jīng)報(bào)道的基因突序列來檢測(cè)我們臨床上的病人十有八九的結(jié)果是陰性結(jié)果。根據(jù)已經(jīng)發(fā)表的序列設(shè)計(jì)開展基因檢測(cè)從邏輯上和實(shí)踐上都有缺陷。

數(shù)據(jù)庫比對(duì)的策略存在嚴(yán)重缺陷

一般的基因檢測(cè)機(jī)構(gòu)即使是進(jìn)行全部基因序列測(cè)定，由于在分析變異序列時(shí)采用的是數(shù)據(jù)庫比對(duì)策略，也不能滿足診斷和治療的要求。

由于納入研究的病人數(shù)量有限，而且全基因測(cè)序、全外顯子測(cè)序技術(shù)并沒有用在每一個(gè)患者的檢測(cè)分析上，很多導(dǎo)致一個(gè)疾病發(fā)生的突變并沒有被檢測(cè)出來，進(jìn)入數(shù)據(jù)庫的病例也只是少量的病例。而每一個(gè)基因都會(huì)有數(shù)百萬個(gè)突變的可能，這些突變可能絕大多數(shù)沒有被列入目前世界上任何一個(gè)數(shù)據(jù)庫里，因此目前采用數(shù)據(jù)庫比對(duì)的方法進(jìn)行基因檢測(cè)即使是進(jìn)行了全基因測(cè)序、全外顯子測(cè)序也無法對(duì)罹患基因病的患者找到病因，產(chǎn)生了大量意義未明的檢測(cè)結(jié)果。

佳學(xué)基因采用基因解碼方法進(jìn)行致病基因鑒定

• 佳學(xué)基因普遍采用全外顯子、全基因測(cè)序的方法，完整獲得患者的全部基因序列，不丟掉任何一個(gè)突變序列。其他機(jī)構(gòu)用選點(diǎn)的方法設(shè)計(jì)芯片檢測(cè)，采用PANEL的方法檢測(cè)特定范圍內(nèi)的基因，都有可能因?yàn)榧膊”碚髡故静蝗?、多種疾病表征相互混雜、病人主訴不清、檢測(cè)指標(biāo)不全導(dǎo)致真正的致病基因未被包含在內(nèi)，造成基因信息獲取不全，遺漏真正導(dǎo)致疾病發(fā)生的基因。
• 采用基因解碼方法，而不是數(shù)據(jù)庫比對(duì)方法，不僅可以輕松找到數(shù)據(jù)庫中已經(jīng)記錄的位點(diǎn)，還可以發(fā)現(xiàn)數(shù)據(jù)庫中沒有記錄的新型位點(diǎn)，特別適合對(duì)現(xiàn)有病因研究不太清楚、缺乏模型動(dòng)物的疾病病理分析，可以進(jìn)行大量原創(chuàng)性研究與發(fā)現(xiàn)。
• 致病基因鑒定基因解碼在神經(jīng)系統(tǒng)疾病比如自閉癥、系統(tǒng)性發(fā)育障礙、神經(jīng)肌肉系統(tǒng)疾病、腎臟功能疾病、心血管疾病、腫瘤病理的分析中具有獨(dú)特的優(yōu)勢(shì)。在新型藥物靶點(diǎn)的尋找、創(chuàng)新性藥物治療方案方面具有明顯的優(yōu)勢(shì)。在解釋常規(guī)藥物治療效果差異方面可提供非常有價(jià)值的信息。

基因解碼與基因檢測(cè)的區(qū)別：

1. 獲得的基因序列不同：基因解碼普遍采用全基因測(cè)序和全外顯子測(cè)序，獲得的基因位點(diǎn)數(shù)常常以億為單位；基因檢測(cè)常采用PCR、芯片、一代測(cè)序，獲取的基因位點(diǎn)數(shù)從一個(gè)位點(diǎn)到百萬個(gè)位點(diǎn)不同。因此基因檢測(cè)的價(jià)格常常變化大，無法形成統(tǒng)一的質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)。
2. 分析解讀方法不同：基因解碼采用基因序列變化功能分析法，可以分析受檢者的任意變異序列，基因檢測(cè)是采用數(shù)據(jù)庫比對(duì)法，只能檢測(cè)在數(shù)據(jù)庫中有記錄的、并非來自于醫(yī)生正在診治的患者的突變序列。
3. 基因解碼檢出率更高：基因解碼對(duì)遺傳病、基因病的檢出率要比一代測(cè)序基因檢測(cè)高出數(shù)千倍，比芯片法基因檢測(cè)高出數(shù)萬倍，比PCR法高千萬倍到上億倍。
4. 基因解碼正確率更高：基因解碼可以將普通遺傳病患者的致病基因定位到特定的基因坐標(biāo)上，而基因檢測(cè)只能檢查患者是否存在已經(jīng)研究過的發(fā)病原因。
5. 基因解碼可以發(fā)現(xiàn)受檢者的獨(dú)特原因，做原創(chuàng)性發(fā)現(xiàn)和研究，而基因檢測(cè)只能驗(yàn)證前人研究已經(jīng)發(fā)現(xiàn)過的結(jié)果。
6. 基因解碼可以根據(jù)發(fā)病原因設(shè)計(jì)治療方案，基因檢測(cè)不能為患者創(chuàng)新治療方案。
7. 基因解碼結(jié)果可以指導(dǎo)基因矯正，而基因檢測(cè)結(jié)果不能用于基因矯正。
8. 基因檢測(cè)一般用于疾病風(fēng)險(xiǎn)檢測(cè)，基因解碼可以用于致病基因鑒定。