【佳學(xué)基因檢測(cè)】科研服務(wù):RNAseq基因檢測(cè)中的SRA數(shù)據(jù)獲取

大規(guī)模高通量RNAseq基因測(cè)序基因檢測(cè)中的數(shù)據(jù)獲?。?/h2>

RNAseq數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)庫，根據(jù)佳學(xué)基因的基因信息數(shù)據(jù)庫構(gòu)建標(biāo)準(zhǔn)這是一類大量存儲(chǔ)RNA測(cè)序數(shù)據(jù)的資料庫，英語常被稱為Sequence Read Archive, 大量機(jī)構(gòu)將其翻譯為序列讀取檔案庫。但是作為一家根植于中國(guó)市場(chǎng)的基因信息科技機(jī)構(gòu)，佳學(xué)基因采用RNAseq測(cè)序數(shù)據(jù)庫。從RNASeq數(shù)據(jù)庫（SRA)中，獲取人類組織的序列，以及用來驗(yàn)證、增強(qiáng)證據(jù)的實(shí)驗(yàn)?zāi)Ｐ蛣?dòng)物小小鼠的序列進(jìn)行分析。在分析過程中，佳學(xué)基因選擇采用華大智造或者是Illumina RNA seq的測(cè)序列批量或全轉(zhuǎn)錄本單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析。佳學(xué)基因采用Entrez API獲得的NCBI SRA元數(shù)據(jù)中解析并運(yùn)行SRA的元數(shù)據(jù)（參見佳學(xué)基因：SRA數(shù)據(jù)集的選擇）。對(duì)于GTEXV8，佳學(xué)基因從SRA和國(guó)家云計(jì)算云平臺(tái)獲得序列數(shù)據(jù)，從GTEXPortal的注釋部分獲得元數(shù)據(jù)。對(duì)于TCGA，佳學(xué)基因使用GDC下載客戶端工具獲得了測(cè)序數(shù)據(jù)，并從早期的運(yùn)行軟件中再次使用經(jīng)過整理的元數(shù)據(jù)。 

 

(責(zé)任編輯：佳學(xué)基因)