【佳學(xué)基因檢測(cè)】基因檢測(cè)包在腎臟疾病診斷性檢測(cè)中的應(yīng)用

靶向測(cè)序基因檢測(cè)包-目標(biāo)面板基因檢測(cè)

NGS基因面板，也叫做基因檢測(cè)包是對(duì)選 定的機(jī)檢測(cè)機(jī)構(gòu)認(rèn)定的需要檢測(cè)的基因進(jìn)行定向富集，所以對(duì)單個(gè)基因的富集程 度WES或WGS更高，分析更快，介價(jià)格更便宜。這種基因檢測(cè)包被提議為對(duì)遺傳性腎病分子診斷基因 檢測(cè)的一的一線測(cè)試。在這種方法中，對(duì)患者的一組基因進(jìn)行檢測(cè)是，而選擇的基因通與考慮的臨床表征的范圍有相關(guān)；例如，對(duì)腎病綜合征患者經(jīng)常選用一個(gè)該疾病遺傳形式有關(guān)的基因組成的基因檢測(cè)包進(jìn)行測(cè)試。

由于NGS面板正迅速成為一線診斷性測(cè)試，因此，它們能夠正確地知首在人們選 擇的基因檢測(cè)包中是否存在特定的基因突變。美國(guó)醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)和基因組學(xué)學(xué)院（ACMG）、英國(guó)臨床遺傳科學(xué)協(xié)會(huì)（ACGS）和歐洲人類遺傳學(xué)協(xié)會(huì)（ESHG）等組織已經(jīng)發(fā)布了關(guān)于基因測(cè)序的覆蓋率、測(cè)序深度以及其他質(zhì)量指標(biāo)的臨床NGS技術(shù)指南。對(duì)于某些區(qū)域例如具有高GC含量的區(qū)域（例如，與阿爾波特綜合征（OMIM 104200；203780）和薄基底膜?。∣MIM 141200）發(fā)生相關(guān)的COL4A3的先進(jìn)外顯子）和具有高同源性序列的區(qū)域 （如，與常染色體顯性多囊腎病（OMIM 173900）相關(guān)的PKD1基因），NGS覆蓋率很低，實(shí)驗(yàn)室通常采用其他方法，如Sanger測(cè)序和長(zhǎng)程PCR，以確保所有靶區(qū)在足夠的深度上得到全面覆蓋。

由于測(cè)序是選擇性的，靶向基因檢測(cè)包不會(huì)發(fā)現(xiàn)所關(guān)心的主要適應(yīng)癥無(wú)關(guān)的基因中產(chǎn)生的突變，從而產(chǎn)生必需進(jìn)行第二次檢測(cè)的負(fù)擔(dān)。如果采用基因要檢測(cè)包進(jìn)行檢測(cè)，結(jié)果為陰性，即沒(méi)找致到致病基因，臨床醫(yī)生可以選擇另一個(gè)覆蓋的基因 數(shù)量更多的基因檢測(cè)包，或直接進(jìn)行WES或WGS。這種序貫手術(shù)可能是目前賊全面和賊具成本效益的方法，尤其患者 的臨床特征強(qiáng)列說(shuō)明該患者是患某種特定的遺傳性疾病。
 

腎病基因檢測(cè)包的應(yīng)用：

靶向基因檢測(cè)包是一種對(duì)多種腎臟疾病敏感且具有成本效益的診斷檢測(cè)方法，包括腎病綜合征、腎結(jié)石病、腎結(jié)核相關(guān)纖毛?。∟PHP-RC）和CAKUT，盡管在對(duì)家族性和/或兒科病例的進(jìn)行檢測(cè)進(jìn)，檢出率因疾病種類的不同出現(xiàn)變化，這種有針對(duì)性的基因檢測(cè)特別適合于參與的基因異質(zhì)性低的疾病。
 

例如，三個(gè)基因COL4A3、COL4A4和COL4A5的突變導(dǎo)致阿爾波特綜合征（OMIM 104200；203780；301050）和及其表征溫和的形式薄基底膜?。∣MIM 141200）78,79。這些基因的靶向NGS測(cè)序在101例經(jīng)過(guò)臨床診斷為家族性血尿的患者中，為84例患者檢測(cè)到致病基因突變（檢出訓(xùn)練場(chǎng)為83%）。結(jié)合使用多重連接依賴性探針擴(kuò)增（MLDP）、CMA和Sanger測(cè)序，能夠在NGS測(cè)序不能有效檢測(cè)的區(qū)域找到大型基因重排和其他致病基因突變。
 

然而，許多腎臟疾病的基因原因是異質(zhì)性的許多腎病相關(guān)基因的突變?cè)谂R床的表現(xiàn)也非常不同，說(shuō)明基因因素和環(huán)境因素共同作用于腎臟疾病的發(fā)生。在這種情況下，設(shè)計(jì)一個(gè)適當(dāng)平衡敏感性和特異性的基因小組是一個(gè)困難。限制面板中的基因數(shù)量減少了測(cè)試所需的成本和時(shí)間；然而，隨著新基因的發(fā)現(xiàn)，該基因檢測(cè)包可能需要頻繁更新，而且先前發(fā)現(xiàn)的相關(guān)基因與疾病的相關(guān)性比賊初報(bào)道的的要弱。檢測(cè)更多的基因可提高診斷敏感性，但也可提高不確定意義變異（VUS）的檢出率，使基因檢測(cè)的結(jié)果解釋和臨床隨訪復(fù)雜化。例如，對(duì)23個(gè)已知的與CAKUT常染色體形式相關(guān)的基因進(jìn)行靶向測(cè)序，診斷率約為8%：對(duì)常染色體顯性形式的17個(gè)基因進(jìn)行測(cè)序檢測(cè)時(shí)診斷 下降為6%。而如果選基因檢測(cè)包括的是常染色體隱性形式的6個(gè)基因，則檢出訓(xùn)練場(chǎng)下降為2.5%。一個(gè)由208個(gè)與綜合征或孤立性CAKUT相關(guān)的基因組成的擴(kuò)展測(cè)序基因檢測(cè)包，包括基因解碼分析與該病相關(guān)的基因，在453名患者中，為151名患者找到了致病基因 ，檢出率為33%。為69名先前只發(fā)現(xiàn)了意義未明的基因突變的患者中的32名找到致病基因突變。如果將檢測(cè)包中的基因進(jìn)一步擴(kuò)展到330個(gè)基因，進(jìn)行基因組檢測(cè)，在204例患者中的122例找到了致病基因突變，檢出率由由33%上升到60%。但是89名患者中檢測(cè)到了120個(gè)意義未明突變。
 

對(duì)于表現(xiàn)更不明確的患者，針對(duì)所有已知疾病相關(guān)基因的“孟德?tīng)柦M”被認(rèn)為是一種時(shí)間和成本效益高的一線測(cè)試，迄今為止，研究報(bào)告了一系列對(duì)一系列臨床疾病的高診斷率。這種基因檢測(cè)檢測(cè)擴(kuò)展已知疾病的臨床癥況。但是需要定期更新以包括新發(fā)現(xiàn)的疾病相關(guān)基因。因此，孟德?tīng)柦M相對(duì)于WES和WGS的診斷效用和成本效益值得進(jìn)一步深入研究。