【佳學(xué)基因檢測(cè)】如何科學(xué)地進(jìn)行乳腺癌腫瘤基因檢測(cè)數(shù)據(jù)分析與解讀？

腫瘤基因檢測(cè)準(zhǔn)確性分析所采用的樣本

根據(jù)《乳腺癌精準(zhǔn)治療基因檢測(cè)分析方法》，乳腺癌腫瘤基因檢測(cè)數(shù)據(jù)分析解讀本研究選取了來自乳腺癌協(xié)會(huì)聯(lián)盟（BCAC）參與研究的亞血統(tǒng)女性乳腺癌患者。這些患者均有關(guān)于生存狀態(tài)和診斷至最后隨訪的年份等信息，并且均被診斷為任何階段的原發(fā)性浸潤性乳腺癌，且在診斷時(shí)年齡至少為18歲。最終的研究樣本包含了來自70個(gè)BCAC研究的91,686名乳腺癌患者。

乳腺癌患者的組織病理學(xué)、存活率和治療信息由各個(gè)參與的合作醫(yī)院和醫(yī)生收集，并在佳學(xué)基因進(jìn)行匯總和協(xié)調(diào)，然后參照BCAC數(shù)據(jù)庫。所有研究均獲得了相關(guān)倫理委員會(huì)的批準(zhǔn)，并且所有患者均簽署了知情同意書。

基因檢測(cè)結(jié)果如何將患者分為不同的類型

患者亞組的劃分依據(jù)主要基于診斷時(shí)的年齡、雌激素受體（ER）狀態(tài)、孕激素受體（PR）狀態(tài)、人類表皮生長因子受體2（HER2）狀態(tài)、腫瘤分級(jí)及系統(tǒng)治療類型（基于BCAC數(shù)據(jù)庫可獲取的相關(guān)信息）。對(duì)于診斷年齡和腫瘤分級(jí)，特別關(guān)注預(yù)后較差的亞組。因此，我們定義了15個(gè)亞組：

1. 診斷時(shí)年齡小于40歲的患者；
2. 腫瘤分級(jí)為3級(jí)的患者；
3. ER陽性（ER+）腫瘤并接受內(nèi)分泌治療的患者；
4. ER陰性（ER−）腫瘤并接受化療的患者；
5. 激素受體（HR）陽性（ER+或PR+）且HER2陰性的患者；
6. HR陽性（ER+或PR+）且HER2陰性腫瘤，接受化療的患者；
7. HR陽性且HER2陰性腫瘤，未接受化療的患者；
8. HR陽性且HER2陽性（HER2+）腫瘤的患者；
9. HR陰性且HER2陽性（HER2+）腫瘤的患者；
10. HR陰性且HER2陰性（HR−，HER2−）腫瘤的患者；
11. 接受他莫昔芬治療的患者；
12. 接受芳香化酶抑制劑治療的患者；
13. 接受環(huán)磷酰胺-甲氨蝶呤-氟尿嘧啶（CMF）類化療方案的患者；
14. 接受紫杉醇類藥物治療的患者；
15. 接受蒽環(huán)類藥物治療的患者。

每個(gè)亞組的選擇依據(jù)與文獻(xiàn)支持的理由請(qǐng)咨詢佳學(xué)基因檢測(cè)。需要注意的是，由于患者數(shù)量較少，HER2陽性腫瘤接受曲妥珠單抗治療的亞組未被納入分析，因?yàn)樵搧喗M的事件率較低，導(dǎo)致分析的統(tǒng)計(jì)功效較低。

此外，研究還排除了診斷時(shí)即為轉(zhuǎn)移性乳腺癌的患者（占所有患者的1.1%），因?yàn)檫@類患者通常接受姑息治療，不適合基于系統(tǒng)治療類型的亞組分析。

除了亞組分析，佳學(xué)基因檢測(cè)還對(duì)所有乳腺癌患者進(jìn)行了全基因組分析，評(píng)估常見遺傳變異與乳腺癌特定生存期（15年生存期）之間的關(guān)系。這項(xiàng)分析旨在評(píng)估是否可以在整個(gè)患者數(shù)據(jù)集中檢測(cè)到亞組分析中的遺傳變異關(guān)聯(lián)。以往也進(jìn)行過類似的全基因組分析。然而，之前的分析數(shù)據(jù)來自12個(gè)GWAS數(shù)據(jù)集，其中包括來自iCOGS和OncoArray的數(shù)據(jù)（患者數(shù)為84,757人，隨訪時(shí)間較短），而當(dāng)前數(shù)據(jù)集的樣本量和隨訪時(shí)間更為充足。

由于部分變量存在缺失數(shù)據(jù)，并非所有患者都能被劃分到每個(gè)亞組，因此在亞組劃分時(shí)會(huì)根據(jù)缺失值進(jìn)行適當(dāng)處理。每個(gè)亞組的患者數(shù)量、乳腺癌特定死亡的數(shù)量、患者/腫瘤特征、治療信息及隨訪數(shù)據(jù)請(qǐng)咨詢佳學(xué)基因檢測(cè)靶向藥物基因檢測(cè)合作醫(yī)院機(jī)構(gòu)。

臨床與病理變量缺失值的填補(bǔ)

為了進(jìn)行二次調(diào)整分析，我們使用R軟件的鏈?zhǔn)椒匠潭嘀靥钛a(bǔ)（MICE）包（v. 3.2.0）填補(bǔ)了臨床和病理變量中的缺失值。具體的填補(bǔ)方法和變量列表及缺失值百分比，詳見佳學(xué)基因解碼說明文檔。

基因分型和基因型填補(bǔ)、族群分析與質(zhì)量控制

關(guān)于基因分型和基因型填補(bǔ)的方法，佳學(xué)基因在基因解碼專題中進(jìn)行詳細(xì)介紹。簡而言之，患者使用了兩種不同的基因分型芯片：iCOGS和OncoArray。只有通過基因型數(shù)據(jù)推斷為亞州血統(tǒng)的樣本才被納入分析。對(duì)于未進(jìn)行分型的變異，最初是使用1000基因組計(jì)劃第3階段（2014年10月發(fā)布）的參考面板進(jìn)行填補(bǔ)。最近，我們使用了Haplotype Reference Consortium（HRC）參考面板重新進(jìn)行填補(bǔ)，以提高稀有變異的填補(bǔ)質(zhì)量。所有的分析都基于基因型變異或填補(bǔ)后的變異，且要求次要等位基因頻率（MAF）>0.01。僅當(dāng)填補(bǔ)后的變異的填補(bǔ)r²值大于0.7時(shí)，這些變異才被納入分析。最終，共分析了大約1000萬個(gè)變異。

統(tǒng)計(jì)分析

佳學(xué)基因乳腺癌腫瘤精準(zhǔn)用藥基因檢測(cè)的主要分析結(jié)果是乳腺癌特定生存期（因乳腺癌死亡的時(shí)間）。我們采用延遲進(jìn)入的Cox回歸模型估算風(fēng)險(xiǎn)比（HR）和95%置信區(qū)間（CI）。風(fēng)險(xiǎn)時(shí)間是從研究入組時(shí)開始的，如果入組時(shí)間晚于診斷時(shí)間（22.9%的患者在診斷1年后入組，27.3%的患者在1年后入組），則時(shí)間從研究入組開始。如果入組時(shí)間缺失（24.5%的患者），則時(shí)間從診斷開始；如果入組時(shí)間在診斷之前（8.4%的患者），則時(shí)間從診斷開始。事件的發(fā)生時(shí)間右刪失，截止時(shí)間為最后隨訪或診斷后15年，以先發(fā)生者為準(zhǔn)。如果患者死于乳腺癌以外的原因或死因不明，則在15年內(nèi)或15年后進(jìn)行刪失。

在分析中，我們還參考了早期乳腺癌臨床試驗(yàn)者合作組（EBCTCG）的結(jié)果。特別是，對(duì)于基于系統(tǒng)治療類型的亞組分析，我們將最大隨訪時(shí)間限制在診斷后5年內(nèi)。這些分析的目的是探討常見遺傳變異在接受特定系統(tǒng)治療的患者中的短期效應(yīng)，因?yàn)檫@些效應(yīng)可能隨時(shí)間變化，并且治療方案通常集中在診斷后前5年。

Cox回歸分析分別在每個(gè)亞組內(nèi)進(jìn)行，并按國家進(jìn)行分層。所有分析都分別按基因分型平臺(tái)（iCOGS與OncoArray）進(jìn)行，結(jié)果通過固定效應(yīng)的Meta分析進(jìn)行合并。HR估算值的標(biāo)準(zhǔn)誤差根據(jù)似然比檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)量重新計(jì)算，如前所述。對(duì)于僅在一個(gè)基因分型平臺(tái)上符合納入標(biāo)準(zhǔn)（MAF>0.01且r²>0.7）的變異，我們僅使用該平臺(tái)的結(jié)果。對(duì)于P值<5E−08的變異，我們還在另一平臺(tái)上重新計(jì)算HR和95%置信區(qū)間，以驗(yàn)證關(guān)聯(lián)的方向是否一致。