【佳學(xué)基因檢測(cè)】RET基因突變檢測(cè)_RET基因檢測(cè)
受體酪氨酸激酶RET基因活化突變是多種惡性腫瘤的致癌基因。保留激酶結(jié)構(gòu)域的RET基因重排是乳頭狀甲狀腺癌、非小細(xì)胞肺癌和多個(gè)其他癌癥發(fā)生驅(qū)動(dòng)基因。活化RET突變導(dǎo)致了2型內(nèi)分泌腫瘤及散發(fā)性髓樣甲狀腺癌的臨床表現(xiàn)的多樣性。因此，RET是RET的腫瘤致病性突變患者的一個(gè)很有希望的治療靶點(diǎn)。佳學(xué)基因在對(duì)腫瘤的驅(qū)動(dòng)基因進(jìn)行基因解碼的過(guò)程中，詳細(xì)分析了RET基因?qū)е履[瘤發(fā)生的機(jī)理，通過(guò)分析具有RET抑制劑活性的多激酶抑制劑，如卡博扎坦、范德坦等，在臨床上對(duì)攜帶有RET活化腫瘤驅(qū)動(dòng)突變的腫瘤治療進(jìn)行了研究，臨床療效較低。由于這些多激酶抑制劑的非選擇性，患者有非靶向的不良反應(yīng)，如高血壓、皮疹和腹瀉。這導(dǎo)致這些藥物的治療指標(biāo)狹窄，限制了在臨床上使用有效的RET抑制劑的劑量。相反，賊近發(fā)現(xiàn)并經(jīng)過(guò)臨床驗(yàn)證的RET高特異性RET抑制劑（Pralestinib，Selperctinib）顯示出療效得到改善，藥物毒性降低，將改變將改變RET突變患者的癌癥治療方案。這些藥物在具有有RET腫瘤驅(qū)動(dòng)突變的多種腫瘤中具有廣泛的活性。對(duì)這些藥物耐藥機(jī)制的研究是佳學(xué)基因腫瘤正確用藥的下一步研究的領(lǐng)域。對(duì)RET腫瘤驅(qū)動(dòng)突變的知識(shí)進(jìn)行介紹，并推廣應(yīng)用RET基因突變基因檢測(cè)，將進(jìn)一步深化這一個(gè)性化治療策略的應(yīng)用。
受體酪氨酸激酶RET（轉(zhuǎn)染過(guò)程中重排）在腎臟和神經(jīng)系統(tǒng)的發(fā)育中起著重要作用。如果基因突變導(dǎo)致該激酶的活化異常，便會(huì)導(dǎo)致多種癌癥或腫瘤的發(fā)生，成為腫瘤發(fā)生的驅(qū)動(dòng)基因。保留激酶區(qū)的RET融合突變是乳頭狀甲狀腺癌（PTC）、非小細(xì)胞肺癌（NSCLC）和其他多種癌癥的驅(qū)動(dòng)因素?；罨疪ET突變與多種內(nèi)分泌腫瘤2型（MEN2）及散發(fā)性髓樣甲狀腺癌（MTC）的表型有關(guān)。因此，RET是攜帶有RET致瘤性突變癌癥患者的一個(gè)有吸引力的治療靶點(diǎn)。近年來(lái)，佳學(xué)基因?qū)哂休o助抑制RET活性的多激酶抑制劑（MKIs）進(jìn)行了研究，這些研究對(duì)象包括卡博桑替尼和范德尼布。在使用過(guò)程中發(fā)現(xiàn)，高血壓、腹瀉等非特異性脫靶不良反應(yīng)限制了患者可耐受的劑量。相反，賊近研究發(fā)現(xiàn)并經(jīng)過(guò)臨床驗(yàn)證了新一代高選擇性RET抑制劑（Pralsenib/BLU667，Selperctinib/LOXO-292），結(jié)果表明，這新一代藥物不僅提高了療效，而且毒性更低，這將改變RET基因突變攜帶者的治療方案，進(jìn)一步提升佳學(xué)基因腫瘤850等正確用藥基因檢測(cè)后的指導(dǎo)意見(jiàn)。
RET基因的腫瘤驅(qū)動(dòng)突變
RET在癌癥中主要通過(guò)染色體重排激活，染色體重排產(chǎn)生包含RET激酶結(jié)構(gòu)域的融合基因（圖2）和RET蛋白胞外和胞質(zhì)區(qū)域的功能獲得錯(cuò)義突變（圖3）。除了這些機(jī)制外，野生型RET表達(dá)水平的增加與幾種癌癥的發(fā)病機(jī)制有關(guān)。
RET的重排激活腫瘤驅(qū)動(dòng)突變
RET重排體細(xì)胞突變，產(chǎn)生包括編碼激酶結(jié)構(gòu)域的RET的3′序列和來(lái)自其他重排伙伴基因的5′序列。RET的染色體斷點(diǎn)通常出現(xiàn)在內(nèi)含子11內(nèi)，這導(dǎo)致融全基因僅僅包含RET蛋白質(zhì)的細(xì)胞質(zhì)部分。有時(shí)，一些斷點(diǎn)出現(xiàn)在內(nèi)含子7和10內(nèi)，產(chǎn)生含有RET跨膜結(jié)構(gòu)域的嵌合蛋白。迄今為止，已有超過(guò)35個(gè)基因通過(guò)重排與RET形成融合基因。這些伙伴基因可以為融合蛋白提供二聚化結(jié)構(gòu)域，如卷曲螺旋結(jié)構(gòu)域、30 Lis1同源（LisH）結(jié)構(gòu)域、不育結(jié)構(gòu)域（sterile α motif,SAM）域。
RET融合蛋白可以通過(guò)多種方式激活下游通路。通過(guò)融合到RET的激酶結(jié)構(gòu)域，二聚化結(jié)構(gòu)域可以介導(dǎo)RET激酶的非配體組成性激活。如Kohno等人35所述，RET融合可以增加RET的表達(dá)，KIF5B-RET融合使得RET的轉(zhuǎn)錄比正常肺組織高2到30倍。融合蛋白功能發(fā)生改變是另一個(gè)因素。其中一個(gè)同RET發(fā)生融合的基因，PRKAR1A，是一種腫瘤抑制基因，在Carney綜合征患者中失去活性。Carney綜合征是一種常染色體顯性綜合征，攜帶有這一融合基因的人具有多種腫瘤的風(fēng)險(xiǎn)。PRKAR1A-RET融合不僅激活了RET，還使PRKAR1A失去抑制腫瘤發(fā)生的功能。
佳學(xué)基因解碼認(rèn)為RET重排的內(nèi)在原因是DNA雙鏈不忠實(shí)的修復(fù)，它通過(guò)非同源的端連接、斷裂誘導(dǎo)復(fù)制和其他復(fù)雜的重排產(chǎn)生。各種非細(xì)胞和細(xì)胞原因可能導(dǎo)致雙鏈斷裂，例如電離輻射和遺傳毒性化學(xué)物質(zhì)或應(yīng)激因子（例如缺氧和復(fù)制應(yīng)激）誘導(dǎo)的脆弱位點(diǎn)。
在人類癌癥中，RET重排賊初在1987年在PTC中被發(fā)現(xiàn)，賊近的臨床數(shù)據(jù)表明，RET重排發(fā)生在10%-20%的PTCs中。因?yàn)榉派渚€的影響而產(chǎn)生的放射性PTCs中RET重排的發(fā)生率要高得多。例如，在過(guò)去日本接觸切爾諾貝利放射性放射性輻射或原子彈的PTC患者中，大約有50%-80%的患者報(bào)告了這些變化。這些重排在兒童中比患有PTC的成年人更為常見(jiàn)，至少部分原因是兒童甲狀腺濾泡細(xì)胞的增殖率高，因此這些細(xì)胞對(duì)DNA損傷的敏感性比成人細(xì)胞更高。在PTC患者中，CCDC6-RET和NCOA4-RET是賊常見(jiàn)的RET重排，它們是通過(guò)染色體10長(zhǎng)臂上的互逆或非互易的副中心反轉(zhuǎn)而產(chǎn)生的。PTC中RET重排和BRAF突變?cè)诤艽蟪潭壬鲜腔コ獾?。除了PTC外，RET重排在其他類型甲狀腺癌中的患病率低得多，如間變性甲狀腺癌、濾泡性甲狀腺癌和髓樣甲狀腺癌。
在過(guò)去的幾十年中，佳學(xué)基因在多種癌癥中發(fā)現(xiàn)RET重排，這些腫瘤包括但不限于NSCLC、Spitz腫瘤和spitzoid黑色素瘤、慢性粒單核細(xì)胞白血病、結(jié)直腸癌和乳腺癌。在非小細(xì)胞肺癌中，RET基因重排的檢出率約為1%-2%。在腺癌尤其明確，而且具有獨(dú)特的臨床病理特征：相對(duì)年輕(≤ 60歲），有更多的低分化腫瘤，并且很少或沒(méi)有吸煙史?；蚪獯a表明，非小細(xì)胞肺癌EGFR突變藥物奧西美替尼耐藥的一個(gè)原因是RET融合。臨床證明，聯(lián)合應(yīng)用RET抑制劑和EGFR抑制劑可以克服這種耐藥機(jī)制。有趣的是，RET重排肺癌患者通常表現(xiàn)出低水平的PD-L1表達(dá)和低的腫瘤突變負(fù)擔(dān)，并且在免疫治療方面效果不佳。另一項(xiàng)研究表明，與非免疫抑制劑治療相比，RET基因突變患者使用免疫檢查點(diǎn)抑制劑（ICIs）的中位進(jìn)展時(shí)間更短。
RET突變的基因檢測(cè)方法
在針對(duì)腫瘤的靶向用藥的基因檢測(cè)中，沒(méi)有統(tǒng)一的檢測(cè)方法。對(duì)不確知RET重排是否有必要納入檢測(cè)指標(biāo)的時(shí)候，尤其如此。目此，臨床上檢測(cè)RET重排的方法有幾種。一般來(lái)說(shuō)，免疫組化檢測(cè)RET重排并不高效。逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng)（RT-PCR）和熒光原位雜交（FISH）都是種敏感而有效的方法。然而，正如在基因檢測(cè)與基因解碼所做出的眾多比較所指出的一樣。RT-PCR基因檢測(cè)法不足以檢測(cè)新的融合基因或異構(gòu)體。使用雙色斷裂點(diǎn)探針的FISH無(wú)法識(shí)別特定的融合伙伴。此外，基因解碼所普遍采用的下一代測(cè)序（NGS）可以同時(shí)檢測(cè)腫瘤樣本中的基因融合突變和體細(xì)胞突變。靶向RNAseq也是對(duì)DNA測(cè)序的補(bǔ)充，它能夠識(shí)別DNA測(cè)序不能檢測(cè)到的、可以做為藥物靶點(diǎn)的基因突變。
補(bǔ)充閱讀：
(責(zé)任編輯：佳學(xué)基因)
