【佳學(xué)基因靶向藥物基因檢測】在NSCLC肺部癌患者中發(fā)現(xiàn)的 EGFR L858R基因突變的治療策略

人體基因檢測的收費比較

佳學(xué)基因檢測每周會通過集中會議學(xué)習(xí)掌握國際腫瘤基因檢測的研究進展，其中一次基因檢測實驗室人員知識更新中在討論《神奇藥物選擇的重要標(biāo)準(zhǔn)》時，大家分析了《Front Immunol》在 2022 Nov 23;13:1022598.發(fā)表了一篇題目為《An EGFR L858R mutation identified in 1862 Chinese NSCLC patients can be a promising neoantigen vaccine therapeutic strategy》腫瘤靶向藥物治療基因檢測臨床研究文章。該研究由Jing Lin, Jun Liu, Shi-Guang Hao, Bin Lan, Xiao-Bin Zheng, Jia-Ni Xiong, Ying-Qian Zhang, Xuan Gao, Chuan-Ben Chen, Ling Chen, Yu-Fang Huang, Hong Luo, Yu-Ting Yi, Xin Yi, Jian-Ping Lu, Xiong-Wei Zheng, Gang Chen, Xue-Feng Wang, Yu Chen等完成。促進了腫瘤的正確治療與個性化用藥的發(fā)展，進一步強調(diào)了基因信息檢測與分析的重要性。腫瘤基因檢測研究的目標(biāo)是開發(fā)一種針對中國非小細(xì)胞肺癌（NSCLC）患者中EGFR L858R突變衍生的新抗原的疫苗。通過對1862名中國NSCLC患者的基因組進行靶向測序，研究發(fā)現(xiàn)EGFR L858R突變是最常見的基因變異，且其與HLA-A*33:03的結(jié)合親和力和共享頻率最佳。研究還發(fā)現(xiàn)，EGFR L858R突變的腫瘤微環(huán)境（TME）顯示出低水平的CD8 T細(xì)胞、活化的CD4記憶T細(xì)胞和升高的巨噬細(xì)胞M2水平，表明TME可能受到抑制。 該研究的意義在于： 識別和驗證了一個新的肺癌疫苗的靶標(biāo)：EGFR L858R突變。這種突變在中國的非小細(xì)胞肺癌患者中非常常見，因此開發(fā)針對此突變的疫苗可能會有廣泛的應(yīng)用前景。 揭示了EGFR L858R突變的腫瘤微環(huán)境特征，為理解腫瘤的免疫逃逸機制提供了線索。 基于以上發(fā)現(xiàn)，EGFR L858R突變衍生的新抗原可以作為一個疫苗候選靶點進行進一步研究，而在靶向治療或免疫檢查點抑制劑（ICIs）失敗后，基于新抗原的疫苗可能成為EGFR L858R亞型的有效挽救策略。這將有望為非小細(xì)胞肺癌的治療提供一個新的途徑。

腫瘤基因檢測及靶向藥物治療研究關(guān)鍵詞：

中國非小細(xì)胞肺癌, EGFR L858R突變, HLA A*33:03,免疫學(xué)特征,新抗原疫苗。

腫瘤治療檢測基因臨床應(yīng)用結(jié)果

靶向藥物研究立項的依據(jù)：本研究旨在開發(fā)一種針對中國非小細(xì)胞肺癌 (NSCLC) 突變衍生新抗原的疫苗。佳學(xué)基因解碼的途徑：研究了一組 1862 名中國 NSCLC 患者，這些患者接受了 1021 基因組的靶向測序。 HLA 分型使用 OptiType v1.0 完成，新抗原由 netMHCpan v4.0 預(yù)測。使用 lohhla 算法推斷出 HLA LOH，并根據(jù)我們的面板數(shù)據(jù)通過計算非同義詞的總數(shù)來量化 TMB。利用TCGA數(shù)據(jù)利用CIBERSORT估計不同EGFR突變亞型的TME。靶向藥物研究的客觀數(shù)據(jù)：HLA-A*11:01(42.59%)位列前1位等位基因，HLA-A*33:03(12.94%)位列第12位。 EGFR L858R (22.61%) 是最普遍的基因變異。 EGFR L858R 與 HLA-A*33:03 的結(jié)合親和力 (IC50 MT = 22.9 nM) 和共享頻率 (2.93%) 是最佳的。在隨后對 EGFR 突變亞型的免疫學(xué)特征的進一步分析中，在我們的人群中發(fā)現(xiàn)了 63.1% 的 HLA 雜合性缺失 LOH (HLA LOH) 和 0.37%（1862 年中的 7 個）B2M 畸變，兩者與 EGFR 突變亞型沒有顯著關(guān)聯(lián)，表明抗原呈遞過程涉及 EGFR L858R 中的 HLA LOH 和 B2M 機制。利用我們的 panel 研究了腫瘤突變負(fù)荷 (TMB)，結(jié)果表明與其他 EGFR 突變亞型相比，EGFR L858R 的 TMB 最低。此外，對來自癌癥基因組圖譜 (TCGA) 數(shù)據(jù)的 22 種免疫細(xì)胞類型的分析表明，EGFR L858R 與低水平的 CD8 T 細(xì)胞、活化的 CD4 記憶 T 細(xì)胞和升高的巨噬細(xì)胞 M2 水平相關(guān)，表明腫瘤微環(huán)境 (TME) 受到抑制藥物指導(dǎo)及病因判斷的依據(jù)：我們的研究發(fā)現(xiàn)，EGFR L858R 新抗原有可能在 HLA A*33:03 的非小細(xì)胞肺癌患者中產(chǎn)生癌癥疫苗。在靶向治療或免疫檢查點抑制劑（ICIs）失敗后，基于新抗原的疫苗可能成為 EGFR L858R 亞群的有效挽救方案。 EGFR L858R突變； HLA A*33:03；免疫學(xué)特征；新抗原疫苗。

佳學(xué)基因檢測分析這一研究的背景背景

本研究旨在開發(fā)一種針對中國非小細(xì)胞肺癌（NSCLC）中突變衍生新抗原的疫苗。

腫瘤基因檢測研究方法：

腫瘤基因檢測研究了一組1862名中國NSCLC患者，這些患者接受了1021基因組的靶向測序。使用OptiType v1.0進行HLA分型，并使用netMHCpan v4.0預(yù)測新抗原。使用lohhla算法推斷出HLA LOH，并根據(jù)我們的面板數(shù)據(jù)通過計算非同義詞的總數(shù)來量化TMB。利用CIBERSORT和TCGA數(shù)據(jù)估計不同EGFR突變亞型的腫瘤微環(huán)境（TME）。

腫瘤基因檢測的研究結(jié)果：

HLA-A11:01（42.59%）是第一位等位基因，而HLA-A33:03（12.94%）位列第12位。EGFR L858R（22.61%）是最普遍的基因變異。EGFR L858R與HLA-A*33:03的結(jié)合親和力（IC50 MT = 22.9 nM）和共享頻率（2.93%）是最優(yōu)的。在進一步分析EGFR突變亞型的免疫學(xué)特征時，我們的人群中發(fā)現(xiàn)了63.1%的HLA雜合性缺失LOH（HLA LOH）和0.37%（1862年中的7個）B2M畸變，這兩者與EGFR突變亞型沒有顯著關(guān)聯(lián)，說明在EGFR L858R中，抗原呈遞過程涉及HLA LOH和B2M機制。利用我們的面板數(shù)據(jù)研究了腫瘤突變負(fù)荷（TMB），結(jié)果表明，與其他EGFR突變亞型相比，EGFR L858R的TMB最低。此外，來自癌癥基因組圖譜（TCGA）數(shù)據(jù)的22種免疫細(xì)胞類型的分析顯示，EGFR L858R與CD8 T細(xì)胞、活化的CD4記憶T細(xì)胞的低水平和巨噬細(xì)胞M2水平的升高有關(guān)，這暗示了一個被抑制的腫瘤微環(huán)境（TME）。

腫瘤基因檢測的研究結(jié)論 ：

腫瘤基因檢測的研究發(fā)現(xiàn)，EGFR L858R新抗原有可能在HLA A*33:03的非小細(xì)胞肺癌患者中產(chǎn)生癌癥疫苗。在靶向治療或免疫檢查點抑制劑（ICIs）失敗后，基于新抗原的疫苗可能成為EGFR L858R亞群的有效挽救方案。

肺癌治療策略研究關(guān)鍵詞 ：

中國非小細(xì)胞肺癌； EGFR L858R突變； HLA A*33:03； 免疫學(xué)特征； 新抗原疫苗。

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