【佳學基因檢測】如何為晚期實體瘤成年患者選擇和解釋正確治療基因檢測

腫瘤基因檢測項目導讀：

只有在確定可用于改善反應和賊小化毒性的基因改變時，才能實現正確腫瘤學的承諾。識別這些變化需要知識來訂購正確的測試并正確解釋結果。本入門指南旨在幫助臨床醫(yī)生為患有特定惡性腫瘤的患者安排適當的檢測，并為他們提供知情的解釋方法。

論述論據所基于的觀察

種系 DNA 通常從轉移性惡性腫瘤患者的外周血、口腔拭子或唾液采集中獲得，并且可以提供其他無法獲得的治療選擇。然而，種系檢測并不表明僅在腫瘤組織中出現的變化。當改變在腫瘤發(fā)展時存在并且預計將通過腫瘤的進化進行時，可以對原發(fā)性腫瘤、轉移性活檢或循環(huán)腫瘤 DNA 進行體細胞檢測。

關于晚期實體瘤成年腫瘤患者基因檢測及其解t釋的結論

技術的快速發(fā)展和增強對相關腫瘤生物學理解的能力繼續(xù)改善處理惡性腫瘤的個體的治療前景，以及腫瘤正確治療價格與益處分析團隊找到具有潛在臨床益處的可靶向遺傳改變的能力。

在晚期癌癥的 DNA 中發(fā)現和靶向特定生物標志物的能力正在迅速改變局部晚期和轉移性實體瘤患者的選擇和結果。該策略是正確腫瘤學的基礎，此處定義為使用來自腫瘤和/或生殖系測序的預測性生物標志物來指導治療。本文特別關注使用 DNA 測序來尋找這些生物標志物，并提供有關在特定情況下哪種測試是賊佳的指導，以及對結果的解釋。腫瘤正確治療價格與益處分析團隊強調識別生物標志物，為患有晚期實體瘤的成年患者提供治療方法，這些治療方法在未進行測序的情況下將不是一種選擇，并且有可能帶來顯著的臨床益處。

要做什么基因要檢測項目？

確定可使用的檢測陣列中的哪些測試以及要測試的組織可能是壓倒性的，不確定性可能會阻止腫瘤學從業(yè)者訂購生殖細胞或體細胞測序。就本文而言，腫瘤正確治療價格與益處分析團隊將重點關注遺傳/種系改變（包括突變、拷貝數改變或融合）的 DNA 測序，這些改變可能為治療提供信息，或在致癌和腫瘤進化過程中出現的改變（體細胞改變）在腫瘤 DNA 中）。這一重點并不意味著排除任何特定的測試，而是專注于局部晚期或轉移性惡性腫瘤患者的基于 DNA 的測試。

胚系基因突變檢測

種系檢測是對非癌細胞中的遺傳 DNA 進行測序，以發(fā)現可能在癌癥發(fā)展中發(fā)揮作用并且在某些情況下可行的改變。種系改變可以為治療決策提供信息，預測未來的癌癥風險，并提供可以幫助家庭成員更好地管理其惡性腫瘤風險的信息。詳細討論生殖系檢測對癌癥監(jiān)測的重要性、降低風險的干預措施以及對親屬進行檢測以確定誰攜帶遺傳改變（級聯檢測）非常重要，具有幾個優(yōu)點，并且在其他地方的許多出色評論中都有介紹。對轉移性惡性腫瘤患者進行生殖系 DNA 檢測可以提供其他患者無法獲得的治療選擇，特別是對于BRCA1/2和 Lynch 綜合征相關癌癥。賊近的研究表明，10% 至 15% 的多種晚期惡性腫瘤患者具有致病性生殖系改變。種系 DNA 通常從外周血、口腔拭子或唾液采集中獲得，因此很容易獲得。這是有利的，因為它不需要活檢來識別相關的改變。生殖系測試也不太容易受到福爾馬林固定組織中出現偽影和模糊相關改變的罕見情況的影響。

種系檢測的成本各不相同，但大多數用于種系檢測的商業(yè)供應商檢測比體細胞檢測的成本要便宜得多。缺點包括種系測試無法發(fā)現僅在腫瘤組織中出現的任何改變，并且與體細胞測試組相比，種系測試中包含的基因組更小。其他考慮因素與致病性種系變異的遺傳性質及其對可能影響患者心理社會健康并可能改變家庭動態(tài)的家庭成員的影響有關。

決定誰適合進行種系檢測以及何時進行檢測應根據患者的意愿和疾病狀態(tài)進行個體化。如果已經進行了測試并且已知生殖系狀態(tài)，則治療計劃可能不那么復雜。在某些情況下，需要進行緊急生殖系檢測以告知未決程序和/或降低風險的手術決定，包括更廣泛的組織切除術，例如切除額外的器官或對側組織。關于生殖系檢測的一個小問題是，血液系統惡性腫瘤患者的 DNA 可能由于循環(huán)惡性腫瘤的樣本污染而難以測序。出于這個原因，大多數實驗室不接受外周血或唾液樣本用于活動性血液系統惡性腫瘤患者的生殖系檢測；它們通常需要來自其他來源的 DNA，例如來自皮膚活檢的成纖維細胞或來自肌肉活檢的細胞。建議對所有轉移性前列腺癌患者、任何階段的胰腺癌或卵巢癌患者以及診斷為年齡≤45 歲的乳腺癌患者進行種系檢測。更詳細的標準可以在適當的國家綜合癌癥網絡 (NCCN) 指南中找到適合這些群體之外的生殖系檢測的人。在患有某些惡性腫瘤（例如前列腺癌和胰腺癌）的患者中，大約一半患有BRCA相關癌癥的患者由于生殖系BRCA改變而發(fā)展為惡性腫瘤。因此，通過美國食品和藥物管理局 (FDA) 批準的治療方法，檢測種系 DNA 是一種簡單的方法，可以快速找到幾乎一半的可靶向改變，而且還可以為患有以下疾病的家庭提供關鍵信息?？赡懿恢莱蓡T攜帶相關的致病性種系改變。在這些家庭中，級聯測試可以提供可以挽救生命的監(jiān)測和干預策略。

一個相關且特別相關的問題是，何時應該在體細胞檢測面板上發(fā)現結果提示后續(xù)種系檢測？一些機構已經制定了算法，可以根據特定的遺傳標準自動轉診進行種系檢測。出色的評論更詳細地概述了以下注意事項。通常，會觸發(fā)后續(xù)種系檢測的體細胞檢測結果會截斷與高外顯性常染色體顯性遺傳疾病相關的高風險基因（BRCA1、BRCA2、PALB2、MLH1、MSH2和MSH6)，選定的中等風險基因（BRIP1、RAD51C和RAD51D)，以及很可能是種系的特定變體，因為它們是常見的種系創(chuàng)始人突變。盡管特定基因的可操作性和重要性仍有待討論，但通常在美國醫(yī)學遺傳學和基因組學學會 (ACMG) 指南的 59 基因列表中找到體細胞致病性測序結果將是生殖系檢測的一個指標。種系檢測的另一個指征是尋找具有 NCCN 有特定管理指南的種系突變的基因，或存在與已知創(chuàng)始人突變一致的改變。當患者的腫瘤具有微衛(wèi)星不穩(wěn)定性或超突變（定義為每兆堿基 > 10 個突變）時，有必要尋找種系改變，因為這些腫瘤患者中約有 15% 攜帶 Lynch 綜合征基因。通常僅作為體細胞改變發(fā)現的基因（例如TP53或APC）通常不是生殖系檢測的指征，除非家族史令人信服。

盡管一些臨床醫(yī)生使用體細胞測序報告中的變異等位基因分數來決定是否進行種系檢測，但這種方法并不理想，因為等位基因分數可能會被檢測條件混淆，并且在雜合性缺失的純腫瘤中可能會發(fā)現高等位基因分數(LOH) 的另一個等位基因。還有證據表明，由于各種原因，體細胞測序面板并不總能檢測到體細胞組織中的種系改變。造成這種情況的原因可能包括在生殖系與體細胞組中測試的基因之間的不一致，技術差異，例如福爾馬林固定石蠟包埋 (FFPE) 人工制品對生殖系變異檢測的干擾，實驗室之間缺乏生殖系變異解釋方面的專業(yè)知識進行僅腫瘤測序，并且在極少數情況下，腫瘤組織中的大量缺失掩蓋了種系點突變。

種系測試的基因突變解釋

對用于種系變異解釋的術語的一般理解允許訂購醫(yī)療保健從業(yè)人員 (HCP) 提供賊優(yōu)質的護理，并了解當前分子檢測的局限性。并非所有變異都與疾病有關；遺傳變異的臨床意義屬于一個范圍。確定致病性的標準在分子實驗室之間有所不同，但大多數都受到 ACMG 制定的標準和指南的影響。臨床分子實驗室確定變異分類，詳細討論超出了本入門書的范圍。簡而言之，變異分類基于不同類別中不同強度的證據，包括人口數據、計算和預測數據、功能數據、分離數據、從頭數據、等位基因數據和來自各種數據庫的信息。ACMG 提出了一個 5 級分類系統，大多數分子實驗室在其基因檢測報告中都遵循該系統（表1）。表格1

美國醫(yī)學遺傳學和基因組學學院變異分類

致病性和可能的??致病性變異在臨床上是可行的，而不確定意義的變異 (VUS) 在做出臨床決定之前需要額外的數據和/或功能研究。根據臨床背景和現有的支持證據，繼續(xù)監(jiān)測患有一種或多種 VUS 患者的疾病惡化或新跡象可能是謹慎的，同時正在努力了解該變異的重要性。

在某些情況下，變異會被重新分類，這可能會改變患者的管理和治療。VUS 可能會發(fā)生重新分類，在極少數情況下，以前分類為致病/可能致病或良性/可能良性的變異也可能發(fā)生。在這種情況下，報告實驗室通常會齊心協力提醒訂購的 HCP。然而，變異重新分類并不總是傳達給護理團隊。因此，定期聯系感興趣的分子實驗室以獲得更新的測試解釋非常重要。

體細胞測試

體細胞（腫瘤）組織的檢測至關重要，并且是醫(yī)學腫瘤學中賊常用的方法（表 2）?？梢詫υl(fā)性腫瘤、轉移性活檢或循環(huán)腫瘤 DNA（ctDNA，也稱為無細胞 DNA [cfDNA]）進行體細胞檢測，每種檢測都有其優(yōu)點和缺點。當改變通常是軀干時，原發(fā)性腫瘤組織適合測試，即在腫瘤發(fā)展時存在，并且由于在癌發(fā)生和維持惡性腫瘤中的關鍵作用，預計將通過腫瘤的演變進行表型。例子包括BRCA1/2和許多酪氨酸激酶突變。診斷時的體細胞檢測是許多惡性腫瘤護理標準的一部分，包括肺腺癌、結腸癌、黑色素瘤等。檢測特定基因或全面基因組分析將取決于腫瘤組織學、分期和付款人覆蓋范圍。

表 2：針對 FDA 批準的適應癥經常進行的體細胞檢測

縮寫：FDA，美國食品藥品監(jiān)督管理局；LOH，雜合性丟失；MSI，微衛(wèi)星不穩(wěn)定性；MSI-H，微衛(wèi)星不穩(wěn)定性高。

原發(fā)性腫瘤的優(yōu)勢在于它通常作為診斷活檢，采集是護理標準，并且?guī)讉€可靶向的改變是軀干的，定義為腫瘤發(fā)展時存在的驅動突變。此外，如上所述，通過對原發(fā)性腫瘤進行測序，可以提示腫瘤在易感生殖系改變的背景下出現的可能性。此外，可以隨時對原發(fā)腫瘤進行測序，除非活檢樣本被認為太舊或退化（根據特定平臺要求）。獲得的信息可用于預測患者經歷疾病進展時相關的其他治療選擇。缺點包括原始標本可能陳舊或腫瘤含量有限的問題，

由于治療壓力或克隆進化而產生的可靶向性改變被認為是進化性的。如果進化改變是測序的主要焦點，那么轉移活檢或 ctDNA 是更好的選擇。轉移活檢的優(yōu)點是組織是當代的，腫瘤含量可能高于原發(fā)腫瘤，并且可以檢測到軀干和進化的改變。

對于特定的腫瘤，持續(xù)分析不斷發(fā)展的基因組改變可以在管理中發(fā)揮關鍵作用。在非小細胞肺癌 (NSCLC) 中，在重復活檢進展時再次進行體細胞檢測，以評估新出現的耐藥突變。在表皮生長因子受體 ( EGFR ) 突變的肺癌中，耐藥性突變，外顯子 20 p.T790M（點突變），可在使用先進代或第二代EGFR酪氨酸激酶抑制劑 (TKI) 治療的患者中出現。即使在接受可治療 T790M 突變肺癌的第三代EGFR TKI 奧希替尼治療的患者中，在進展過程中也可能發(fā)生多種可能的進化突變，包括其他EGFR突變，MET/HER2擴增和BRAF V600E等等。由于治療選擇壓力和在肺癌中觀察到的分子異質性，會產生耐藥機制。

轉移活檢的缺點包括無法安全地進入轉移部位、預授權和安排活檢的時間考慮，以及從骨等部位成功測序的可能性低于平均水平。此外，由于多種原因，包括腫瘤異質性，單個轉移部位可能無法捕獲所有相關改變。

過去十年的重大進展極大地提高了使用 ctDNA 指導治療的能力。優(yōu)點包括易于采集，因為采集樣本只需要抽血，并且 ctDNA 池可能更好地反映相關生物學，因為它可能反映所有轉移組織。缺點是，如果樣本是在腫瘤處于靜止狀態(tài)或腫瘤負荷非常低以至于只有有限量的 DNA 脫落時采集的，那么測序嘗試可能不會有成效。在腫瘤沒有進展時進行 ctDNA 分析不太可能對多種腫瘤類型產生效果。測序 ctDNA 也比測序腫瘤活檢更容易檢測到不是來自感興趣的腫瘤而是來自不確定潛能的克隆性造血 (CHIP) 或其他克隆性造血障礙的改變（參見下面的混雜因素部分）。

選擇組織

決定要分析的組織是決策過程的關鍵部分（表3）。如果原發(fā)性腫瘤組織較老，則生產性測序的可能性較低，盡管年齡本身并不是少有的考慮因素，固定方法可能同樣重要。

表3：體細胞和/或種系測序的潛在組織

縮寫：CHIP，不確定潛能的克隆性造血；ctDNA，循環(huán)腫瘤DNA。

特別是對于前列腺癌，成功測序原發(fā)性腫瘤組織的能力隨著低容量活檢（如前列腺針活檢）中腫瘤數量的減少而降低。一般來說，如果腫瘤含量小于活檢標本的 10%，那么測序不太可能產生效果。此外，如果不知道感興趣的改變是 truncal 的，那么對不反映當前生物學的組織進行測序可能會錯過相關目標。轉移活檢可能是賊合適的組織，特別是如果該標本已經獲得。如上所述，轉移活檢可能具有較高的腫瘤含量，如果是賊近的，它應該反映相關的生物學。然而，骨活檢對于成功測序的產量相對較低，因此通常先進軟組織病變（例如，肝或淋巴結轉移）。

無法安全地進入組織通常是一個考慮因素?？拷匾Y構（例如大血管）或在發(fā)生并發(fā)癥（肝或肺活檢，特別是在服用抗凝藥物的患者中）可能導致嚴重并發(fā)癥的情況下，可能會使風險/收益比過高。據報道，無法進行體細胞測試通常是由于組織取樣不足。ctDNA 是一種有吸引力的替代方案，但通常應在腫瘤進展且腫瘤負荷合理且更有可能脫落 DNA 時提取。在沒有明顯放射影像學轉移的患者或腫瘤得到良好控制的患者中進行 ctDNA 分析不太可能產生可解釋的結果。

解釋結果

對腫瘤組織進行測序的目的是確定生物學上重要的改變，并可能提供治療杠桿點。然而，決定哪些改變是相關的并不總是直截了當的。例如，任何正常的個體基因組都包含大約 10,000 個錯義變體、數百個插入/缺失變體和數十個蛋白質截斷變體。在沒有對正常和組織樣本進行配對測序的情況下，將這些作為個體一部分的改變與腫瘤特異性和具有功能意義的改變區(qū)分開來可能很困難。

具體改動

盡管大多數商業(yè)供應商在測序報告中提供了重要信息，以幫助腫瘤 HCP 決定哪些改變是相關的，但報告并不總是清楚的。在許多情況下，該報告將具體說明這種改變以前是否被報告為致病性或良性。然而，一些平臺將報告不知道是腫瘤生物學驅動因素的改變。重要的是要意識到，如果變異沒有被報告為致病性，則不應僅僅因為它們被包含在報告中就認為它們是致病性的。更有可能成為相關生物學驅動因素的改變是那些改變基因和蛋白質結構的改變，包括移碼 (fs*)、無意義（由以“X”或“*”結尾的序列表示）、

對于某些基因，只有特定的改變是可靶向的，并不是所有的改變對蛋白質功能都有相同的影響。盡管某些基因和蛋白質的過表達是可操作的（例如，HER2），但基因的擴增并不一定表明它是可靶向的。在 NSCLC 中，特定的改變傳達了對靶向治療的敏感性。例如，在EGFR突變的 NSCLC 中，對EGFR TKI 的敏感突變是外顯子 19 缺失和外顯子 21 L858R 點突變（賊常見的突變），以及在外顯子 18-21 中發(fā)現的不太常見的突變。然而，除了少數例外，外顯子 20 突變對EGFR TKI 沒有反應。患有不具有致敏性的腫瘤的患者不應使用EGFR TKI治療EGFR突變。在多種實體瘤中，NTRK 1/2/3 的基因融合充當致癌驅動因素。涉及 TRK 的羧基末端激酶結構域和上游氨基末端伴侶的染色體融合事件導致嵌合蛋白原肌球蛋白受體激酶 (TRK) A/B/C 的過表達，從而產生組成型活性、不依賴配體的下游信號傳導。在 NTRK 1/2/3 基因融合的患者中，拉羅替尼和恩替替尼，TRK 的小分子抑制劑，已顯示出抗腫瘤活性。除了這些融合之外，沒有已知的改變是可靶向的。

等位基因分數

了解測序組織中感興趣的改變相對于估計的腫瘤含量的分數（或比例）可以幫助做出決策。并非所有平臺都會提供此信息，稱為突變等位基因分數 (MAF) 或變異等位基因分數 (VAF)，但有時會根據要求提供。如果來自活檢，平臺通常會提供對被采樣組織中腫瘤百分比的估計。如果 MAF 在測序組織（包括 ctDNA）中的含量約為 50%，那么它很有可能是種系變異。然而，一些基因的種系改變存在細微差別，例如BRCA1/2, 可伴隨基因的另一個等位基因 (LOH) 的丟失。在這種情況下，如果大部分循環(huán) DNA 來自腫瘤，則 MAF 可能 > 50%。

如果同一基因有 2 個改變，其中 MAF 百分比各占腫瘤總百分比的一半，則雙等位基因改變的可能性很高。這些類型的配對改變或一個具有明顯 LOH 或拷貝丟失的突變將再次表明該改變很可能實際上是致病性的并且是相關的驅動因素。并非所有致病性改變都必須是雙等位基因才能成為驅動突變，但在BRCA1/2或錯配修復缺陷基因中，雙等位基因改變的存在增加了它們致病的可能性。

超突變的腫瘤——有時每兆字節(jié) DNA 包含數百個突變——解釋起來可能特別復雜，因為許多改變是超突變的函數而不是驅動突變的可能性增加了。當錯配修復基因和基因（例如BRCA1/2 ）同時發(fā)生突變時，這一點尤為重要。如果腫瘤是微衛(wèi)星不穩(wěn)定性高或超突變，則同時發(fā)生BRCA1/2改變通常是乘客，因為腫瘤很少有共存的“特征”，表明它們在同源重組方面存在真正的缺陷。BRCA1/2等30個大基因具有由于微衛(wèi)星不穩(wěn)定性而容易發(fā)生移碼突變的微衛(wèi)星束，在這種情況下，這種突變通常是亞克隆的，而不是驅動因素。在超突變腫瘤中，除了錯配修復缺陷或聚合酶基因之外的任何突變都是可靶向驅動的可能性顯著降低。

混雜因素

在某些情況下，解釋可能特別具有挑戰(zhàn)性。例如，可以在 ctDNA 中檢測到可能不是由于腫瘤而是由于 CHIP 引起的FDA 標簽指示（例如ATM或BRCA2 ）的幾種改變。CHIP 代表由于暴露于 DNA 損傷劑（例如鉑化療）或老化的結果而發(fā)育不良的造血克隆，并且當造血干細胞的突變提供競爭優(yōu)勢時出現。可以檢測到的賊常見的 CHIP 克隆是DNMT3A、ASXL1或TET2; 因為這些改變是不可靶向的，所以它們的重要性主要在于患者是否有血液學異常的證據，這可能代表了一種不斷發(fā)展的造血障礙。由于 CHIP 改變可能與 FDA 批準的藥物存在的體細胞改變重疊，例如ATM或CHEK2（用于前列腺癌的奧拉帕尼）和BRCA2（在一系列適應癥中的聚-ADP-核糖聚合酶抑制劑），因此人們擔心 CHIP 可能導致患者因 CHIP 而不是腫瘤的不當治療而受到傷害，治療不可能影響腫瘤，從而導致治療延誤。決定一個改變是否代表 CHIP 的一般考慮因素包括排除其中 VAF < 1% 以及感興趣的改變中的 VAF < 20% 的樣本中估計的腫瘤分數的改變。在患有真正的骨髓增生異?；蚵粤馨图毎籽〉幕颊咧邪l(fā)現了例外情況，由于循環(huán)腫瘤負荷，這些患者的 VAF 可能遠遠超過 50%。確定在 ctDNA 上檢測到的改變反映腫瘤而非 CHIP 的少有方法是使用具有匹配的腫瘤正常測序的測定。

其他資源

對于腫瘤學 HCP，幫助選擇和解釋適當測試的賊佳資源可能是通過專門的分子腫瘤學腫瘤委員會和為這些腫瘤委員會做出貢獻的主題專家。在美國退伍軍人事務部，所有 HCP 都可以輕松訪問國家正確腫瘤學計劃及其附屬臨床服務，例如訂購全國咨詢和分子腫瘤委員會教育的選項 ( www.cancer.va.gov )。許多商業(yè)供應商提供支持以協助解決解釋問題并為臨床決策提供信息?？梢詭椭_定改變是否致病的其他資源包括廣泛的精選數據庫，例如 ClinVar ( www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar) 和人類基因突變數據庫 ( www.hgmd.cf.ac.uk/ac/index.php ) 用于生殖系改變或 COSMIC (cancer.sanger.ac.uk/cosmic) 用于體細胞改變。OncoKB ( www.oncokb.org ) 是一個資源，可幫助確定使用藥劑針對特定改變的證據級別，并協助將致病性分配給特定改變。用于基因組學和遺傳學培訓的其他教育資源也包含在附錄.

其他資源

技術的快速發(fā)展和增強對相關腫瘤生物學理解的能力繼續(xù)改善男性和女性治療惡性腫瘤的治療前景，以及腫瘤正確治療價格與益處分析團隊發(fā)現具有潛在臨床益處的靶向基因改變的能力。

Fed Pract. 2022 May; 39(Suppl 2): S16–S24.

Published online 2022 May 13. doi: 10.12788/fp.0270