【佳學基因檢測】做原發(fā)性高草酸尿癥II型基因解碼、基因檢測的費用是多少？

遺傳病、罕見病基因檢測導讀:

原發(fā)性高草酸尿癥II型是英文Primary hyperoxaluria, type II的中文翻譯。該病是一種基因病、遺傳病。佳學基因通過基因解碼找到了導致這一疾病發(fā)生的基因?？梢酝ㄟ^基因檢測阻止原發(fā)性高草酸尿癥II型在后代或者二胎中的出現(xiàn)。根據(jù)《人的基因序列變化與人體疾病表征》，該病屬于內(nèi)分泌系統(tǒng)（激素）疾病。
 

什么樣的人應當做原發(fā)性高草酸尿癥II型基因解碼、基因檢測？

原發(fā)性高草酸尿癥是一種罕見但具有潛在破壞性的常染色體隱性遺傳病，其特征是尿液中草酸鹽排泄過多、難治性草酸鈣腎結(jié)石和通常進行性腎功能障礙。 原發(fā)性高草酸尿癥 II 型 (OMIM 604296, 260000) 是由乙醛酸還原酶/羥基丙酮酸還原酶 (GRHPR) 突變引起的。 表型通常比 I 型輕，但以嚴重的腎結(jié)石為特征，通常伴有進行性慢性腎病。基本上所有針對原發(fā)性高草酸尿癥描述的突變都直接影響編碼或剪接。 原發(fā)性高草酸尿癥 II 型中賊常見的影響 GRHPR 的突變是外顯子 2 中的 c.103delG。該突變約占 II 型病例的 40% (4, 5)，引入移碼，然后過早停止密碼子 45。佳學基因原發(fā)性高草酸尿癥記錄了一種新的 GRHPR 缺失突變，該突變發(fā)生在原發(fā)性高草酸尿癥 II 型病例中，導致蛋白質(zhì)產(chǎn)物過早截斷。 更引人注目的是，該復合雜合子中另一個受影響的等位基因涉及在 5' UTR 中引入一個新的和高度活躍的翻譯起始位點，緊接在典型的 GRHPR 翻譯起始位點的上游 - 并且在框架之外。 這是產(chǎn)生臨床上重要的亞形態(tài)或非形態(tài)等位基因的極其罕見的機制。。

佳學基因原發(fā)性高草酸尿癥II型基因檢測案例

一名 60 歲的來自云南的男性因反復性草酸鈣腎結(jié)石和相關的慢性腎病而就診。 他在 40 年前通過了移走了他的先進塊結(jié)石，并且在之前的二十年里平均每月有一次結(jié)石事件。 沒有腎臟疾病或腎結(jié)石的家族史，也沒有已知的血緣關系。 他過去接受過多種泌尿外科干預，包括體外沖擊波碎石術 (ESWL)。 通過先前的晶體學，結(jié)石成分為 100% 草酸鈣一水合物。 在減少草酸鹽飲食后，賊近兩次測定的 24 小時尿草酸鹽顯示為 116 和 152 mg/d（正常：< 40 mg/d）。 體檢無異常。 血清 Cr 為 1.7 mg/dL。 非對比腹部 CT 顯示右腎有 6 個非阻塞性結(jié)石，左腎有 4 個非阻塞性結(jié)石。
 

原發(fā)性高草酸尿癥II型致病鑒定基因解碼

獲得血液并轉(zhuǎn)診于佳學基因進行致病基因鑒定基因解碼。 賊初，測試了 AGXT 基因（針對原發(fā)性高草酸尿癥 I 型），但未檢測到突變。 接下來，進行了 GRHPR 外顯子測序，揭示了影響單個等位基因的 c.694delC 突變。 核苷酸 694 的缺失影響密碼子 232。賊初的 231 個氨基酸不受移碼影響； 然而，預測殘基 232 從 Q -> R 發(fā)生突變，殘基 233 從 K -> R 發(fā)生突變，隨后是過早的終止密碼子 (p.Gln232Argfs*3）。

原發(fā)性高草酸尿癥II型基因解碼如何幫助婚戀和二胎生育

外周血取自先證者無癥狀的成年子女，由同一臨床實驗室進行 GRHPR 測序。 這個人僅是 p.Gln232Argfs*3 截斷突變體的攜帶者，證實編碼和 5' UTR 變體影響單獨的 GRHPR 等位基因，并且兩個 5' UTR 變體在先證者中順式發(fā)生（即，c.- 4_-3delGCinsAT）。 預計該等位基因會指導與 GRHPR 無關的 20 氨基酸肽 (MDETGATHEGVRHPQDTRRG) 的過早脫碼翻譯起始和合成。
 

原發(fā)性高草酸尿癥II型的數(shù)據(jù)庫代碼

根據(jù)《人的基因序列變化與人體疾病表征》，原發(fā)性高草酸尿癥II型的數(shù)據(jù)庫代碼為omim:260000。此處報告的 p.Gln232Argfs*3 GRHPR 突變是新穎的，預計會導致蛋白質(zhì)在 233 個（共 328 個）氨基酸后過早截斷。 這種截斷立即發(fā)生在預測基序的上游，即 D-異構(gòu)體特異性 2-羥基酸脫氫酶特征序列（ProSite 基序 PS00671；http://prosite.expasy.org），該酶家族的特征并暗示催化活性的喪失。 體外數(shù)據(jù)證實沒有 GRHPR 酶活性； 此外，預測的截短蛋白產(chǎn)物是不可免疫檢測的。

其他等位基因功能失活的機制對于該基因和表型來說是獨一無二的，在任何情況下都很少遇到。 這對通過佳學基因檢測基因分型發(fā)現(xiàn)的 5'UTR 變體賊近被納入 1000 Genomes 數(shù)據(jù)庫（作為 SNP rs201826196 和 rs200847843）； 然而，只有在這里才表明這兩個相鄰的變體發(fā)生在順式中，并引入了一個新的上游框架外異常翻譯起始位點，該起始位點搶占了規(guī)范起始位點。 沒有排除對任一變異等位基因轉(zhuǎn)錄本豐度的輔助影響。

很少有關于替代或異常翻譯起始作為功能性個體間基因組變異或致病突變形式的報道。 這種變異極其罕見，當重點放在編碼外顯子上時很容易被忽視。 原發(fā)性高草酸尿癥基因檢測在綜合評估中僅發(fā)現(xiàn)了兩個具有基因型-表型相關性的實例。 使用詳盡的基于生物信息學的方法，佳學基因檢測到五個新的致病變異/突變實例，證明了這些變異/突變在體外從規(guī)范的翻譯起始位點異常啟動。 另外五個實例被識別但未通過實驗確認。 隨后，通過引入具有強 Kozak 共有序列的新型上游翻譯起始位點，IFITM5 基因的突變被證明會導致成骨不全癥。

這個案例和其他案例指出了以數(shù)據(jù)庫為標準的基因檢測的局限性。 大多數(shù)以外顯子為中心，依賴于人工檢查和解釋。 相比之下，全基因組、全外顯子組或轉(zhuǎn)錄組研究越來越多地采用算法驅(qū)動的分析方法來為變異分配假定的功能； 將這種方法擴展到單基因分析可能會增加突變檢測的靈敏度。

做原發(fā)性高草酸尿癥II型基因解碼、基因檢測的費用是多少？

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