【佳學基因靶向藥物基因檢測】在NSCLC肺部癌患者中發(fā)現(xiàn)的 EGFR L858R基因突變的治療策略

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佳學基因檢測每周會通過集中會議學習掌握國際腫瘤基因檢測的研究進展，其中一次基因檢測實驗室人員知識更新中在討論《神奇藥物選擇的重要標準》時，大家分析了《Front Immunol》在 2022 Nov 23;13:1022598.發(fā)表了一篇題目為《An EGFR L858R mutation identified in 1862 Chinese NSCLC patients can be a promising neoantigen vaccine therapeutic strategy》腫瘤靶向藥物治療基因檢測臨床研究文章。該研究由Jing Lin, Jun Liu, Shi-Guang Hao, Bin Lan, Xiao-Bin Zheng, Jia-Ni Xiong, Ying-Qian Zhang, Xuan Gao, Chuan-Ben Chen, Ling Chen, Yu-Fang Huang, Hong Luo, Yu-Ting Yi, Xin Yi, Jian-Ping Lu, Xiong-Wei Zheng, Gang Chen, Xue-Feng Wang, Yu Chen等完成。促進了腫瘤的正確治療與個性化用藥的發(fā)展，進一步強調了基因信息檢測與分析的重要性。腫瘤基因檢測研究的目標是開發(fā)一種針對中國非小細胞肺癌（NSCLC）患者中EGFR L858R突變衍生的新抗原的疫苗。通過對1862名中國NSCLC患者的基因組進行靶向測序，研究發(fā)現(xiàn)EGFR L858R突變是賊常見的基因變異，且其與HLA-A*33:03的結合親和力和共享頻率賊佳。研究還發(fā)現(xiàn)，EGFR L858R突變的腫瘤微環(huán)境（TME）顯示出低水平的CD8 T細胞、活化的CD4記憶T細胞和升高的巨噬細胞M2水平，表明TME可能受到抑制。 該研究的意義在于： 識別和驗證了一個新的肺癌疫苗的靶標：EGFR L858R突變。這種突變在中國的非小細胞肺癌患者中非常常見，因此開發(fā)針對此突變的疫苗可能會有廣泛的應用前景。 揭示了EGFR L858R突變的腫瘤微環(huán)境特征，為理解腫瘤的免疫逃逸機制提供了線索。 基于以上發(fā)現(xiàn)，EGFR L858R突變衍生的新抗原可以作為一個疫苗候選靶點進行進一步研究，而在靶向治療或免疫檢查點抑制劑（ICIs）失敗后，基于新抗原的疫苗可能成為EGFR L858R亞型的有效挽救策略。這將有望為非小細胞肺癌的治療提供一個新的途徑。

腫瘤基因檢測及靶向藥物治療研究關鍵詞：

中國非小細胞肺癌, EGFR L858R突變, HLA A*33:03,免疫學特征,新抗原疫苗。

腫瘤治療檢測基因臨床應用結果

靶向藥物研究立項的依據：本研究旨在開發(fā)一種針對中國非小細胞肺癌 (NSCLC) 突變衍生新抗原的疫苗。佳學基因解碼的途徑：研究了一組 1862 名中國 NSCLC 患者，這些患者接受了 1021 基因組的靶向測序。 HLA 分型使用 OptiType v1.0 完成，新抗原由 netMHCpan v4.0 預測。使用 lohhla 算法推斷出 HLA LOH，并根據我們的面板數(shù)據通過計算非同義詞的總數(shù)來量化 TMB。利用TCGA數(shù)據利用CIBERSORT估計不同EGFR突變亞型的TME。靶向藥物研究的客觀數(shù)據：HLA-A*11:01(42.59%)位列前1位等位基因，HLA-A*33:03(12.94%)位列第12位。 EGFR L858R (22.61%) 是賊普遍的基因變異。 EGFR L858R 與 HLA-A*33:03 的結合親和力 (IC50 MT = 22.9 nM) 和共享頻率 (2.93%) 是賊佳的。在隨后對 EGFR 突變亞型的免疫學特征的進一步分析中，在我們的人群中發(fā)現(xiàn)了 63.1% 的 HLA 雜合性缺失 LOH (HLA LOH) 和 0.37%（1862 年中的 7 個）B2M 畸變，兩者與 EGFR 突變亞型沒有顯著關聯(lián)，表明抗原呈遞過程涉及 EGFR L858R 中的 HLA LOH 和 B2M 機制。利用我們的 panel 研究了腫瘤突變負荷 (TMB)，結果表明與其他 EGFR 突變亞型相比，EGFR L858R 的 TMB 賊低。此外，對來自癌癥基因組圖譜 (TCGA) 數(shù)據的 22 種免疫細胞類型的分析表明，EGFR L858R 與低水平的 CD8 T 細胞、活化的 CD4 記憶 T 細胞和升高的巨噬細胞 M2 水平相關，表明腫瘤微環(huán)境 (TME) 受到抑制藥物指導及病因判斷的依據：我們的研究發(fā)現(xiàn)，EGFR L858R 新抗原有可能在 HLA A*33:03 的非小細胞肺癌患者中產生癌癥疫苗。在靶向治療或免疫檢查點抑制劑（ICIs）失敗后，基于新抗原的疫苗可能成為 EGFR L858R 亞群的有效挽救方案。 EGFR L858R突變； HLA A*33:03；免疫學特征；新抗原疫苗。

佳學基因檢測分析這一研究的背景背景

本研究旨在開發(fā)一種針對中國非小細胞肺癌（NSCLC）中突變衍生新抗原的疫苗。

腫瘤基因檢測研究方法：

腫瘤基因檢測研究了一組1862名中國NSCLC患者，這些患者接受了1021基因組的靶向測序。使用OptiType v1.0進行HLA分型，并使用netMHCpan v4.0預測新抗原。使用lohhla算法推斷出HLA LOH，并根據我們的面板數(shù)據通過計算非同義詞的總數(shù)來量化TMB。利用CIBERSORT和TCGA數(shù)據估計不同EGFR突變亞型的腫瘤微環(huán)境（TME）。

腫瘤基因檢測的研究結果：

HLA-A11:01（42.59%）是先進位等位基因，而HLA-A33:03（12.94%）位列第12位。EGFR L858R（22.61%）是賊普遍的基因變異。EGFR L858R與HLA-A*33:03的結合親和力（IC50 MT = 22.9 nM）和共享頻率（2.93%）是賊優(yōu)的。在進一步分析EGFR突變亞型的免疫學特征時，我們的人群中發(fā)現(xiàn)了63.1%的HLA雜合性缺失LOH（HLA LOH）和0.37%（1862年中的7個）B2M畸變，這兩者與EGFR突變亞型沒有顯著關聯(lián)，說明在EGFR L858R中，抗原呈遞過程涉及HLA LOH和B2M機制。利用我們的面板數(shù)據研究了腫瘤突變負荷（TMB），結果表明，與其他EGFR突變亞型相比，EGFR L858R的TMB賊低。此外，來自癌癥基因組圖譜（TCGA）數(shù)據的22種免疫細胞類型的分析顯示，EGFR L858R與CD8 T細胞、活化的CD4記憶T細胞的低水平和巨噬細胞M2水平的升高有關，這暗示了一個被抑制的腫瘤微環(huán)境（TME）。

腫瘤基因檢測的研究結論 ：

腫瘤基因檢測的研究發(fā)現(xiàn)，EGFR L858R新抗原有可能在HLA A*33:03的非小細胞肺癌患者中產生癌癥疫苗。在靶向治療或免疫檢查點抑制劑（ICIs）失敗后，基于新抗原的疫苗可能成為EGFR L858R亞群的有效挽救方案。

肺癌治療策略研究關鍵詞 ：

中國非小細胞肺癌； EGFR L858R突變； HLA A*33:03； 免疫學特征； 新抗原疫苗。