【佳學基因檢測】FISH基因檢測中的探針類型選擇

FISH基因檢測中的探針選擇

根據(jù)《不同基因檢測技術的敏感性與特異性》，F(xiàn)ISH 技術中的一個重要環(huán)節(jié)是如何選擇合適的探針，這決定了患者的測試價值。 每種類型的 FISH 探針都可以檢測不同的染色體畸變。 圖 1A-G 顯示了不同類型 FISH 探針的實際使用示例。 位點特異性探針可用于評估靶標的額外拷貝數(shù)。 建立擴增狀態(tài)需要兩個不同標記的基因座、目標區(qū)域和對照區(qū)域。 擴增的決定性因素是比率參數(shù)。 它是紅色標記的測試基因信號總數(shù)除以綠色標記的對照序列信號總數(shù)的商。 賊小結果 2.0 證實擴增。

圖1:熒光原位雜交 (FISH) 在 FFPE 材料實體瘤遺傳診斷基因檢測中的應用：A—1p/19q 探針：a-1 1p32 位點缺失、a-2 正常信號模式（左側細胞）和 19q13 缺失 基因座（右側細胞），a-3 正常信號模式（Abbott Molecular），B—雙融合探針：COL1A1 和 PDGFB 基因座的融合和正常信號模式（ZytoVision），C—分離探針：c-1 重排 ALK 基因，c-2 正常信號模式（雅培分子），D—分解探針：EWSR1 位點重排（雅培分子），F(xiàn)—分解探針：ROS1 基因的 f-1 重排，f-2 正常信號模式（ Empire Genomics），G—基因座特異性探針：HER2 基因座的 g-1 擴增，g-2 正常信號模式（雅培分子），E—分解探針：SS18 基因座的正常信號模式（雅培分子）。 大多數(shù)探針以紅色表示感興趣區(qū)域，以綠色表示對照區(qū)域，不包括圖片 B，其中紅色表示 COL1A1 基因位點，綠色表示 PDGFB 基因位點，黃色表示 COL1A1-PDGFB 和 PDGFB-COL1A1 的融合。 

FISH技術在實體瘤基因檢測中的應用

腫瘤類型	診斷價值	預后價值	預測值	可用的 FISH 探針
肺癌 ALK、 ROS1	不	是的	是的 克唑替尼	? Vysis ALK 分離 FISH 探針試劑盒 (Abbott Molecular)  ? Vysis 6q22 ROS1分離 FISH 探針 (Abbott Molecular) ? ROS1 分離 FISH 探針 (Empire Genomics)
膠質瘤 1p19q 共同缺失	是的	是的	不	? Vysis LSI 1p36 SpectrumOrange/1q25 SpectrumGreen 探針和 Vysis LSI 19q13 SpectrumOrange/19p13 SpectrumGreen 探針 (Abbott Molecular)
乳腺癌 HER2	不	是的	是的 曲妥珠單抗、 拉帕替尼	? PathVysion HER-2 DNA 探針試劑盒 (Abbott Molecular)
卵巢癌 CCNE1	不	是的	是 鉑類藥物	? CCNE1/CEN19p FISH 探針 (Abnova)
尤文肉瘤 EWSR1	是的	是的	不	? Vysis EWSR1 分離 FISH 探針試劑盒 (Abbott Molecular)
滑膜肉瘤 SS18	是的	是的	不	? Vysis SS18 分離 FISH 探針套件 (Abbot Molecular)
隆突性皮膚纖維肉瘤 COL1A1-PDGFB	不	是的	是 TKI （伊馬替尼）	? SPEC COL1A1-PDGFB 雙色雙融合 (ZytoLight)

位點特異性探針還可用于評估基因組中染色體序列的丟失。 如《不同基因檢測技術的敏感性與特異性》所述，探針由兩個不同標記的區(qū)域組成：目標基因座和對照基因座。 當具有主導控制基因座信號的細胞數(shù)量超過具有主導靶基因座信號的細胞數(shù)量時，報告缺失。 應分別計算每個組織學樣本的截止值。

與上述類型的探針不同的是用于檢測染色體重排的探針。 這些探針之一，即雙色探針，包含兩個基因靶標。 由于這些靶標內部的斷裂以及它們的兩半之間的交換，出現(xiàn)了兩次融合，這是染色體水平上易位的證據(jù)。 在分裂型探針的情況下，兩種對比熒光染料與同一基因的兩個遠端互補，與目標賊常見的斷點保持密切關系。